A Secretaria de Saúde cuida da saúde e da qualidade de vida da população de Cruz do Espírito Santo. Administra as Unidades Básicas de Saúde (UBSs) e os programas de prevenção e promoção da saúde, com atendimento humanizado e integral.
Coordena as campanhas de vacinação e as ações de vigilância epidemiológica e sanitária e investe na formação dos profissionais, na melhoria da estrutura das unidades e na compra de insumos e equipamentos, priorizando a prevenção de doenças.